Les eaux usées de NYC montrent un lien entre les variantes cryptiques du COVID et les pires phases de la pandémie

Dans une nouvelle étude, des chercheurs de l’Université de Columbia ont identifié des mutations de coronavirus dans les eaux usées de la ville de New York qui semblent apparaître lorsque les taux de maladies graves commencent à augmenter. Les résultats peuvent identifier des variantes subtiles et sous-estimées de la pandémie qui affectent les résultats au jour le jour, y compris l’hospitalisation et la mort, sans que les médecins ne s’en aperçoivent.

“Les eaux usées sont un échantillon regroupé”, a déclaré Archana Anand, chercheuse postdoctorale à Columbia qui a travaillé sur l’étude, qui comprend des données de l’automne 2020 à l’hiver 2022. En collectant des informations génétiques à partir de ces échantillons d’eaux usées, les chercheurs peuvent étudier les souches virales circulant parmi des centaines de milliers de personnes à la fois, plutôt que de recueillir ces informations un écouvillon de test PCR à la fois.

Pour identifier les pistes potentielles sur ce que font ces nouvelles mutations, Anand a lié les données sur les eaux usées aux données sur les cas, les hospitalisations et les décès des services de santé de New York et du New Jersey. En connectant les modèles COVID-19 dans les codes postaux desservis par l’usine du nord de Manhattan et dans le comté de Bergen, New Jersey aux mutations présentes dans ces égouts, elle a trouvé certaines mutations qui pourraient aider le coronavirus à se déplacer plus rapidement et à échapper au système immunitaire des gens.

Par exemple, elle a identifié trois mutations sur la protéine N – un morceau du virus qui protège son matériel génétique, tout en remplissant d’autres fonctions. Lorsque ces mutations étaient présentes dans les eaux usées, les taux d’hospitalisation, de mortalité et de positivité des tests étaient plus élevés.

L’équipe de Columbia est dirigée par le professeur d’ingénierie et expert en eaux usées Kartik Chandran. Avant la pandémie, Chandran a suivi les communautés microbiennes dans les eaux usées, amenant son laboratoire à pivoter facilement vers le coronavirus.

La plupart des activités de surveillance des eaux usées aux États-Unis se concentrent sur la mesure de la quantité de coronavirus présente dans un égout donné. Mais Chandran est intéressé à répondre à des questions plus complexes.

“Ce n’est pas seulement le ‘qui’ et ‘combien'”, a-t-il dit. “C’est la fonction et l’activité.”

En d’autres termes : il ne s’agit pas seulement de la quantité de coronavirus dans les eaux usées, mais de quelles variantes et de quoi ces variantes sont capables.

Le suivi des variantes dans les eaux usées plutôt que dans les tests PCR est “plus complet”, a déclaré Marc Johnson, professeur de microbiologie et d’immunologie à l’Université du Missouri, qui dirige le programme de surveillance des eaux usées de l’État et n’a pas participé à l’étude de Columbia.

“Cela vous parle de tout le monde”, a-t-il déclaré, y compris des personnes “qui ne savent même pas qu’elles sont malades”. La surveillance des eaux usées s’est généralisée au cours de la dernière année, en partie grâce au financement des Centers for Disease Control and Prevention. Mais la mise en place de tests des eaux usées – et l’intégration du suivi des variantes – peut être difficile sur le plan logistique pour les services de santé.

Anand et ses collègues ont signalé des mutations spécifiques du coronavirus qui, selon eux, méritent une plus grande attention en tant que moteurs potentiels d’une transmission ou d’une gravité accrue. L’étude, qui n’a pas encore été évaluée par des pairs, peut être un point de départ pour identifier la prochaine variante majeure préoccupante à New York, ou même pour concevoir des traitements et des vaccins spécifiques aux variantes.

Le projet Documenting COVID-19, qui s’est associé à Gothamist pour publier cet article, a exploré les implications de cette étude à travers des entretiens avec ses auteurs et des experts extérieurs dans le cadre de ses recherches en cours sur la surveillance des eaux usées pour COVID-19. Le projet Documenting COVID-19 est partiellement soutenu par le Brown Institute for Media Innovation de l’Université de Columbia, qui n’est pas affilié au laboratoire qui a mené cette étude.

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